古中医的核心理论基础说白了就是阴阳五行，古中医的DNA就是阴阳五行，当然这个阴阳五行不同于现代变异了的中医的说法。按照现代中医的说法，阴阳五行就是哲学概念，中医就是五脏六腑、七情六淫、外感内伤、六经辨证、望闻问切、针灸按摩、丸散膏汤等这些东西。实际上，真正的中医是属于成熟的科学体系，它的理论内核包括定量和定性的判定，即阴阳五行的定量计算与定性描述，五行的计算工具就是天干地支，阴阳就是定性的基准，这就是古中医的DNA，古中医的医道。他通过天人合一衍生出五运六气、藏象经络、性味归经等都属于古中医的核心理论体系，即古中医的DNA包括阴阳五行、五运六气、藏象经络、性味归经等，《黄帝内经》《黄帝外经》《难经》《天元玉册》等所论述的就是这部分精华。
仅举一例，现代《中医基础理论》教材中论述致病因素时，其中一个因素是外感六淫，六淫就是风寒暑湿燥火，教材中仅仅论述了六淫的特性，其实六淫是什么，六淫就是六气的太过不及，这才叫做六淫。而六气的太过不及（其实还有平气、运气的胜复郁发、亢害承制等）的概念是五运六气中的概念，是按照六气的地支属性来判定，即地支的阴阳决定六气的太过不及。
子午少阴君火，卯酉阳明燥金，寅申少阳相火，巳亥厥阴风木，丑未太阴湿土，辰戌太阳寒水，申子辰寅午戌属阳，亥卯未巳酉丑属阴，阳支为太过，阴支为不及，这是六淫的DNA，在教材中根本就没有论述。
在古中国，天文历法的推演叫做缀术，纯数学的计算叫做外算，而阴阳五行的计算称作内算。古运气、三式、六爻、九宫等皆是内算的一种，可见，内算是数学的最高境界。在中国学术界一直认为，古中国文明的数学成就如何如何，其实只是外算部分，如《九章算术》《海岛算经》等。而将天学的缀术称之为绝学，遍览《史记》所有的《五行志》《律历志》，几乎没有几个人能完全掌握古中国的天文学推算，当然，近些年关于缀术的研究也有一些进展。而内算系统反而在民间得到继承和发展，但也良莠不齐。
现代中医基本失去了古中医的内算系统。对于干支部分不敢涉及，唯恐陷入玄学。实际上阴阳五行、五运六气、天干地支、藏象经络的干支计算部分正是古中医的精华部分，这在《素问》与《灵枢》的论述中比比皆是！现代中医敢接受子午流注，却不敢接受《伤寒钤法》；敢接受灵龟八法，却不敢接受五运六气；敢接受现代医学的经验式研究，却不敢接受阴阳五行的内算法则，这才奇怪呢！现代科学可以用数学和物理、化学等预测推算物质运动规律，这叫所谓的西方现代科学，而应用中国古文明的计算系统预测推算物质运动规律就叫玄学，岂有此理！西方科学、东方国学都是庞大科学系统中的一部分，不同时空不同的物质运动规律，而且西方科学只是科学系统中最低层次的科学。
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